长江书院位于长江上游第一大岛——重庆市广阳岛的西岛头，西临铜锣峡，东望明月峡，具有山水环绕、江峡相拥的整体格局。设计立足生态文明建设的时代背景，以尊重当地山形、水势、地貌和传承巴蜀书院文化传统为基本理念，运用传统邑郊山地的理景手法，营造富有地域性和人文特性的生态环境，将书院消隐在葱郁的山林之中，从而实现营建邑郊风景名胜，演绎书院斯文精神，打造文化平台高地的书院建设目标。

总体布局着重于三个方面——台地分层，形离势合；多轴组合，主次分明；名胜纳园，院合园敞。书院形成以江为泮、三轴联动、塑园立阁、两径五区八景成胜的总体格局。空间格局总体与场地自如契合，形成庄重与生动并存的特色，或俯瞰江山烟霞，或体悟内景虚静，突显书院教化功能的独特气韵。